公司帳簿和會計憑證的保存，在【稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法】第26及27條中有明確的規定，茲整理摘錄於下：

• 帳簿保存：除有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存十年。但因不可抗力之災害而毀損或滅失，報經主管稽徵機關查明屬實者，不在此限。


• 會計憑證保存：除應永久保存或有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存五年。

若您覺得傳統帳簿及憑證保存較為不便，也可以使用光碟片、軟硬碟、磁帶機、縮影機等媒體保存，但您必須在當年度營利事業所得稅結算申報後經主管稽徵機關調查核定後，向主管機關申請核准，仍依前項規定年限保存。同時，須請您配合下列規定：

• 有關未結會計事項的帳簿或憑證，或應永久保存的憑證不適用本方式。


• 主管稽徵機關或財政部指定之調查人員依法進行調查時，如須複印帳簿，該營利事業應負責免費複印提供。